距今大约5000年前，黑暗笼罩着大地，魔神带给人们无尽的恐慌。直到一名巨人从天而降，驱散了黑暗，消失在群山之中……
山下的部落里，流传着关于巨人的传说。伊莎蕾女巫预感到了黑暗复苏，她将视线投向了部落的一名小孩阿姆伊。
在部落的另一边，驱魔者玛荷罗巴奋力击杀了一头巨兽，取得了神兵暗雉剑与一件青铜神光棒……
五千年后，超级guts队实习队员袁翼，操纵着新型战机，遭遇了一头恐怖的怪兽。
在周旋之际，天空中突然出现一个漩涡，将袁翼驾驶的战机与怪兽吸入。
站在山巅眺望群山的阿姆伊，发现了断崖上的战机，以及坠落溪涧昏迷不醒的小翼。
他将小翼带回了部落。
遥远的北方，驱魔者玛荷罗巴手里的青铜神光棒，似乎有了反应。指引着玛荷罗巴，向部落所在方向走去。
故事线开始收束！
小翼醒来，发现自己穿越到了远古时期。
还没等他弄清楚现状，幽暗之地的德古拉便命令手下，率领那头随小翼一同穿越的巨兽，向村庄发起袭击。
村民们做足了准备。
陷阱、投石机与弓箭，只要是用得上的攻击手段，全都用上了。
但这些全都没用……
怪兽无视了攻击，轻松破坏了部落战士们修筑的防御工事。
危急时刻，玛荷罗巴赶到，救下了小翼阿姆伊等人。但玛荷罗巴仍不是怪兽的对手，被打飞时，青铜神光棒掉落被小翼捡到。
“那只怪兽是我引来的！”
“如果真的可以……”
当小翼变身的那一刻，整个影院都轰动了。
没人能想到，大古的儿子小翼，竟然也能变身为迪迦奥特曼。父子俩变身同一个奥特曼，这还是第一次。
观众本以为，阿姆伊才是主角。结果，小翼却变身了……
正当他们以为，能变身的小翼才是主角，阿姆伊不过是一个配角时，无敌的小翼拉垮了。
“这个迪迦好逊啊……”
“是啊！才出场就红灯了！”
孩子们很奇怪，为什么迪迦弱成这样？明明在电影开场中，一脚踹翻了黑暗魔神，但小翼变身却如此孱弱。
难道是小翼的问题？
随着剧情渐渐发展，聪明一点的孩子已经意识到，那个佩有“迪迦水晶”的阿姆伊，极有可能才是真正的迪迦传承人。
小翼属于一个意外。
随后的故事，证实了猜测。
小翼艰难甩飞怪兽后，奄奄一息被救回。随后黑暗魔神来袭，小翼已无力再战，被打得神志不清连神光棒也丢了。
幸好阿姆伊捡了回来。
拿到神光棒的阿姆伊，似乎觉醒了什么，果断变身为迪迦。
“发生了什么？”
观众惊奇地发现，由小翼变身的迪迦，个子还没魔神高。但阿姆伊变身的迪迦，身高却能和魔神持平。
果然，这才是完全体！
女巫的预言应验了，当代光之继承人便是部落中的阿姆伊。重新苏醒的迪迦，与魔神再度交手。
复合、空中形态失利后，阿姆伊切换为强力形态，在玛荷罗巴的暗雉剑帮助下，用迪拉休姆光流击败了魔神，再次驱散了黑暗。
故事到这里便进入尾声了。
有阿姆伊在，远古时期的部落便不用担心怪兽了。小翼也重新驾驶战机，回到了属于他的时空。