海达尔虽然撤退了，但是马守应却没有出营追击，他趁着安集延人撤退的机会，开始了对于叶尔羌军的整顿。
虽然叶尔羌汗向大明表示了臣服，也邀请了大明朝廷派人前来整顿叶尔羌的行政机构和军队组成。但表面上叶尔羌汗国却还是一个独立的国家，因此此种行政和军事的变革并没有全面的深入下去，埃米尔们在行政和军队中依然保持着强大的话语权。
但是随着沙赫巴兹伯克和一大批和他一起出战的埃米尔的死亡，使得这只出征布哈拉汗国的军队出现了微妙的变化。
这些远征军中的叶尔羌士兵们，从来没打过这么残酷的战争。叶尔羌汗国内部虽然有着东、西部领主之间的冲突，但是这种内部战争中，士兵的伤亡其实并不大，只要战场上局势不利他们就可以投降，对面军队的将领也很乐意接受投降，或是把他们变成自己的农奴，或是将他们补充进仆从军去。
归根结底，大家都是来自于同一个国家、同一个民族，且大多数人的宗教信仰也相同，因此很容易就能消化变成自己的力量。
但是对于安集延人来说，叶尔羌人是不折不扣的外人，哪怕大家信仰的是同一个宗教，也不能改变叶尔羌人是来强占他们土地的事实。在这样的情绪下，安集延兵对于叶尔羌人也就毫不手软，很少会去俘虏活人了。
在安集延人的屠杀下，叶尔羌军很快就两级分化了，以埃米尔为首的军事首领们被安集延人的残暴吓跑了胆，纷纷打起了退堂鼓。而底层的叶尔羌兵们，因为同乡或家人被杀，开始变得坚强起来，想要为死难者复仇。
马守应便是利用了底层士兵们的复仇意愿，加上沙赫巴兹伯克死后他身为这只军队统帅的优势，把这只军队的指挥权彻底的从埃米尔们手中夺了过来。
叶尔羌大营的守军加上刚刚抵达的后军和陆续归来的残兵，营中的人马很快便恢复到了五千六、七百的数量。这样规模的军队攻打安集延城大约还不足，但是防守大营却已经绰绰有余。
马守应夺取了军队的指挥权后，又借口天气炎热战死者的尸体不易保存，加上克雷奇汗需要知道沙赫巴兹伯克等人的死亡，好给他们继续派遣援军和指示，因此便命令营中的埃米尔们带着沙赫巴兹伯克等人的尸体返回喀什噶尔报信，并求援。
马守应的强势，士兵们的倾向，加上安集延人的凶残，使得这些埃米尔们虽然口上激烈反对，但是在马守应下达命令之后，他们还是毫无延迟的踏上了归程。
待到营中的埃米尔们大多被打发走之后，马守应便按照明军的营军制，将这只叶尔羌军分成了七营，每营人数在700-900之间。每营又分为五队，每队又分为五哨，每哨又分为五棚。一棚为6-10人，棚内兄弟必须同吃同住，以加深彼此之间的关系和了解，避免再出现战场上逃亡的状况。
这新编的七营，人数有多有少，战力也有高有低，因此马守应又将之分为左右两翼。战斗力强的四营人马编为左翼，他自己亲自带领。战斗力较弱的三营人马则编为右翼，由跟随沙赫巴兹伯克出战却能全身而退的埃米尔亚拉格带领。
马守应侦查到海达尔退到距离大营西北约六十里的村子休息了十天，也没能等到自己出击而再次向安集延撤退后，便和亚拉格商议，由他带领右翼三营出兵，扫荡大营百里以内的村子，将他们迁移到大营后方看管起来。
如此一来，既能够从这些村子里获得足够的物资，也能断绝安集延从本地区继续获得情报和人手，从而让安集延变成聋子和瞎子。
在亚拉格三营人马出发扫荡的时候，马守应也加紧了对于手中四营人马的训练，将这只业余的军队变成在战场上能够听从指挥的军队。
应该来说，这对于马守应并不是什么艰难的任务，毕竟在他手下有着大量明军边军出身的亲卫，还有二十多名隐藏了身份的明军低阶军官。
而摒弃了埃米尔们在军中的职务之后，这些空缺出来的军官职务除了被马守应用来安插自己人之外，还提拔了一大批战场上表现出色的士兵，这一举动使得他对于远征军的整编行动得到了底层士兵们的支持。毕竟在过去，这些低级军官的职位可轮不到平民来担任。
马守应的策略很快就对战局造成了影响，乌兹根地区的村子里虽然也有一些能够作战的牧民，但是面对有组织的军队依然是不够看的。
在亚拉格率队屠灭了两个不肯搬迁的村子之后，这一地区剩下的村子便不敢再试图抵抗这些叶尔羌人，遵照着军队的命令带着家人和粮食财物迁移到了叶尔羌大营的东面，生生在安集延和叶尔羌大营之间造成了一片近百里的无人区。